De roerige geschiedenis van het orgel in de Oude Sint Nicolaaskerk brengt ons naar het jaartal 1748. In dat jaar besloten de Utrechtse Domorganist Johann Philipp Albrecht Fischer (+/-1700-1778), voormalig organist te IJsselstein (1723-1725), de plaatselijke organist Evert Rittel (-?-) en enkele orgelbouwers dat het toenmalige orgel, waarschijnlijk een positief, onherstelbaar was.
Johann Heinrich Hartmann Bätz (1709-1770) te Utrecht levert een plan en een tekening voor een nieuw orgel. J.Ph.A. Fischer keurt dit plan goed en acht het noodzakelijk de dispositie met twee of drie 'grooter en zwaarder' registers uit te breiden, omdat het orgel tegen de Westmuur van de Kerk geplaatst zou worden.
Een reconstructie van archivarische bronnen (1) leidt tot onderstaande dispositie van het Bätz-orgel, dat als eerste nieuwe orgel geldt dat door J.H.H. Bätz in Nederland gebouwd werd en op 13 oktober 1750 opgeleverd is. In 1756 levert Bätz nog enkele stemmen extra op.
In 1843 werd door Stulting/Maarschalkerweerd een Viola Di Gamba 8vt. aan de dispositie toegevoegd. Dit register verving de carillon 3st. die door H.H. Hess in 1788 aan de dispositie van Bätz was toegevoegd.
Latere archivarische bronnen (G.H. Broeckhuyzen) laten de sexquialter in de dispositievermelding achterwege. Het is onduidelijk of dit per abuis gebeurde, of dat dit register mogelijkerwijs vervangen was door het door Hess geplaatste carillon.
| Hoofdwerk | Bovenwerk | Pedaal (2) |
| Prestant 8 vt Bourdon 16 vt Quintadeen 8 vt (1756) Octaaf 4 vt Quint 3 vt Superoctaaf 2 vt Sexquialter (disc.) Mixtuur 4-6 st Trompet 8 vt Tremulant |
Prestant 4 vt (1756) Viola di Gamba 8 vt (1843) Holpijp 8 vt Roerfluit 4 vt Gemshoorn 4 vt Flageolet 1 vt Vox Humana 8 vt (1756) Tremulant (1756) |
Aangehangen |
Klavieromvang: C - c'''
Koppels:
Hoofdwerk-Bovenwerk
Hoofdwerk-Pedaal (2)
Van de dertien Bätz-orgels die J.H.H. Bätz bouwde is het orgel te IJsselstein het enige dat uit een hoofdwerk en bovenwerk en aangehangen pedaal bestond. Hierbij kan echter wel aangetekend worden, dat het feitelijk ging om één werk, met twee windladen en verdeeld over twee klavieren (één werk met plenum, inclusief Bourdon 16’ en Cornet, en het andere met fluiten). Het is dan ook het enige Bätz-orgel, waarbij in de holle velden bezijden de ronde middentoren, drie pijpenveldjes boven elkaar geplaatst zijn: twee voor de dubbele discant van de prestant 8 vt op het hoofdwerk, één van de prestant 4 vt van het bovenwerk (die overigens ook dubbel uitgevoerd was). Voor deze werken- en frontindeling volgt J.H.H. Bätz zijn leermeester Christian Müller (1690-1769) (zie bijvoorbeeld orgel Bavo-kerk Haarlem).
1) Bron: Oost G. (1973). De Orgelmakers Bätz; een eeuw orgelbouw in Nederland 1739-849. Canaletto, Alphen aan de Rijn, 2e druk 1977.
2) Hoewel exacte informatie over het pedaal ontbreekt, mag op basis van andere orgels van J.H.H. Bätz aangenomen worden dat het pedaal aangehangen was en een omvang had van C-c’ en dat een koppel met het hoofdwerk voorzien was. (Oost, 1973:220-223).
In 1911 werden kerk en orgel door brand verwoest.
In 1915 werd een nieuw orgel gebouwd door Firma J. de Koff te Utrecht.
Dit werd in 1916 opgeleverd met de volgende dispositie.
| Hoofdwerk | Zwelwerk | Pedaal |
| Prestant 8 vt Bourdon 16 vt Roerfluit 8 vt Violon 8 vt Spitsfluit 4 vt Quint 2 2/3 vt Octaaf 2 vt Mixtuur 3-5 st Cornet 5 st Trompet 8 vt |
Prestant 8 vt Holpijp 8 vt Viola di Gamba 8 vt Gemshoorn 2 vt Roerfluit 4 vt Nasard 3 vt Woudfluit 2 vt Sifflet 1 vt Hobo 8 vt Tremulant |
Subbas 16 vt Octaafbas 8 vt Gedektbas 8 vt Octaaf 4 vt Bazuin 16 vt Trompet 8 vt |
Koppels:
Hoofdwerk-Zwelwerk
Hoofdwerk-Pedaal
Zwelwerk-Pedaal
In 1968 werd dit orgel verkocht aan de Martuariakerk te Assen, waar het door ruimtegebrek niet geplaatst kon worden. Vervolgens werd dit orgel doorverkocht aan de gereformeerde gemeente te Kampen. In 1973 werd dit door firma Reil te Heerde geplaatst en tevens voorzien van een rugwerk.
In 1971 werd een nieuw orgel geplaatst door orgelbouwer Van Vulpen te Utrecht.